依所得稅協定及《適用所得稅協定查核準則》規定，外國營利事業在我國境內提供服務，符合特定條件者，得申請適用營業利潤免納所得稅。惟外國營利事業取得免稅核准函後，如於我國境內服務天數合併計算後超過協定所定門檻，將構成我國境內常設機構，因而不符原核定免稅之要件，並應依法補繳稅款。
稅務法令新訊
要旨：
依所得稅協定及《適用所得稅協定查核準則》規定，外國營利事業在我國境內提供服務，符合特定條件者，得申請適用營業利潤免納所得稅。惟外國營利事業取得免稅核准函後，如於我國境內服務天數合併計算後超過協定所定門檻，將構成我國境內常設機構，因而不符原核定免稅之要件，並應依法補繳稅款。
解析：
依照現行所得稅協定規定，如外國營利事業在我國未設有常設機構，或雖設有常設機構，但營業利潤非歸屬於該常設機構時，其於我國境內創造之營業利潤，課稅權原則上歸屬於該外國營利事業之居住地國。倘其於我國境內係經由常設機構從事營業行為，則我國僅就歸屬於該常設機構之營業利潤為限，享課稅權。由此可見，對於營業利潤是否具備課稅權之判定，與「常設機構存在與否」息息相關。
針對常設機構之認定，除依照所得稅協定所述之建築工地、營建、裝配或安裝工程，或相關監督活動持續超過特定期間者即視為在我國有常設機構外，另按我國《適用所得稅協定查核準則》第 9 條規定，外國營利事業如經由員工或其他受僱人員在我國境內提供服務，而該服務存續期間超過一定期間，亦視為在我國境內存在常設機構；且即便形式上係不同之服務，如實質上係屬於相同或相關之計畫案，則服務天數應予合併計算。
舉例說明：日商 A 公司於 114 年度與我國甲公司簽訂多份設備檢測維護合約（統稱「 X 合約」），並於 114 年 3 月至 12 月間陸續派遣技術人員至我國境內提供服務，實際居留天數合計達 160 天並取得服務收入共新台幣（下同）1,000 萬元；因滿足要件得適用台日所得稅協定，且經申請並取得營業利潤免稅核准函後，該服務收入 1,000 萬元免予扣繳。
惟嗣後甲公司因營運需要，再度與 A 公司簽訂新的設備檢測維護合約（簡稱「 Ｙ 合約」），約定服務報酬 300 萬元，A 公司續於 115 年 1 月至 2 月間派員來台提供服務，並實際居留天數合計為 35 天。此時因 X 合約與 Y 合約之工作性質相同，兩合約具備商業關聯性，故 A 公司就 X 合約及 Y 合約兩次派員來台提供服務之天數應予合併計算。據此，A 公司於連續 12 個月內（114 年 3 月至 115 年 2 月間） ，在台提供服務天數合計為 195（160 + 35）天，已逾台日所得稅協定所定門檻 183 天，而應認 A 公司於我國境內構成常設機構。此時應特別注意，除 Y 合約之服務報酬 300 萬元需繳納 20% 扣繳稅款以外，X 合約之服務報酬 1,000 萬元亦不得適用營業利潤免稅優惠，而應按 20%扣繳稅率補繳稅款 200 萬元。
特別提醒有台灣來源所得之外國營利事業，縱已取得營業利潤免稅核准函，仍應持續留意後續之合約簽訂、變更，或是派員來台提供服務之實際情形，並持續檢視是否仍符合所得稅協定免稅構成要件。如發現具備關聯性之計畫案合併計算後，於存續期間內已達常設機構認定門檻，應主動告知國稅局並辦理補報及補繳扣繳稅款，以降低後續稅務風險。
