최근 대법원 판결: 거래순이익률방법과 장애인 고용부담금 손금산입

거래순이익률방법(TNMM) 적용 관련 대법원 판결

대법원은 국제거래에 대한 정상가격 산정 시 거래순이익률방법(TNMM)을 적용하기 위한 비교가능성 판단 기준을 다시 한 번 명확히 하였습니다(대법원 2024두54065).

본 판결에서 대법원은 과세관청이 선정한 비교대상 거래와 실제 거래 사이에 기능, 위험, 자산 사용의 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미치는 경우, 합리적인 차이 조정이 이루어지지 않는 한 해당 비교대상은 정상가격 산정의 기초로 사용될 수 없다고 판시하였습니다.

다만, 대법원은 거래순이익률방법 자체를 제한적으로 해석하기보다는, 비교대상 선정 과정과 조정 논리가 합리적이고 객관적으로 제시되는 경우에는 TNMM의 적용 가능성을 비교적 폭넓게 인정하였습니다. 이는 이전가격 분쟁에서 ‘방법의 선택’보다는 ‘비교가능성 분석의 충실도’가 핵심 쟁점임을 재확인한 판결로 평가됩니다.

장애인 고용부담금의 손금산입 여부에 관한 대법원 판결

대법원은 2026년 3월 12일, 장애인 고용부담금이 법인세법상 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부가 쟁점이 된 사건에서 해당 부담금은 손금에 산입될 수 있다고 최종 판단하였습니다(대법원 2024두30809).

대법원은 장애인 고용부담금이 장애인 의무고용률 미달이라는 요건에 따라 부과되기는 하나, 의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금이나 과태료와는 달리, 장애인 고용을 촉진하기 위한 유도적·조정적 부담금의 성격이 강하다고 보았습니다.

이에 따라 장애인 고용부담금은 사업주가 부담하는 일반적인 사업경비로서의 성격을 가지며, 구 법인세법 제21조 제5호에서 규정하는 ‘의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에는 해당하지 않는다고 판시하였습니다. 본 판결은 그동안 실무상 논란이 컸던 쟁점에 대해 명확한 기준을 제시하였으며, 과거 손금불산입 처리한 사업연도에 대해서는 경정청구 가능성을 열어주었다는 점에서 실무적 의의가 큽니다.

다만, 관련 세법이 개정되어 장애인 고용부담금의 세무상 처리에 관한 규정 체계가 일부 변경되었습니다. 따라서 해당 부담금의 손금산입 여부는 적용 사업연도, 개정 세법의 적용 시기 및 개별 사실관계에 따라 달리 판단될 수 있으므로, 실제 세무 처리에 있어서는 반드시 세무전문가의 자문을 받아 검토하는 것이 바람직합니다.