국가연구개발사업의 수행 과정에는 연구시설·장비 및 재료의 구매, 시제품, 시험·분석, 연구용역 의뢰 등 다수 거래처와의 다양한 거래가 발생합니다. 이때 과제 관련 비용을 사업자등록번호가 다르고 법인등기상 별도 회사와 거래하였다 하더라도, 해당 연구비 집행이 무조건 인정되는 것은 아닙니다. 특히 계열사 등으로 법인이 분리되어 있지만 인적·물적 구분이 명확하지 않은 기관 간 거래는 연구개발비로 인정받기 어려우므로 거래처 선정 단계에서 각별한 주의가 필요합니다.
주의해야 할 거래처 유형
대표자가 동일한 회사
인적 구분이 불명확한 거래의 가장 대표적인 사례입니다. 연구개발기관 A사의 대표자가 별도의 B사 대표자로도 등록되어 있고, A사가 B사에 연구재료나 시제품 제작 등을 발주하는 경우입니다. 법적으로는 서로 다른 회사라 하더라도 실질적으로 동일 지배·경영관계 하에 놓인 거래처의 경우 국가연구개발비를 사용한 거래가 불가합니다.
계열회사
모회사와 자회사, 동일 기업집단 내 계열사 등도 주의해야 합니다. 특히 연구개발기관과 거래처가 동일한 그룹에 속해 있다면 단순히 내부 구매 원칙을 준수한 계열사 간 정상적인 거래라는 이유만으로 연구비 집행이 인정된다고 보기는 어렵습니다. 현행 기준(국가연구개발사업 연구개발비 사용기준 제21조)에서도 “영리기관으로서 계열사 등으로 법인이 분리되어 있으나 인적·물적 구분이 명확하지 않은 계열사 또는 기관 간 발생하는 비용”을 연구개발비 계상 불가 비용으로 규정하고 있습니다.
주요 시설이나 장비를 공유하는 회사
거래처가 별도의 법인이라 하더라도 연구개발기관과 공장, 연구실, 시험장비 등을 사실상 공동으로 사용하고 있다면 주의해야 합니다. 특히 시제품 제작이나 시험·분석과 같이 물적 설비가 중요한 거래에서는 실제로 어느 회사의 시설과 인력이 용역을 수행했는지를 확인할 필요가 있습니다.
가장 중요한 것은 ‘실질적 거래’의 입증 가능 여부이므로 거래처 선정 시 다음과 같은 질문을 해 보는 것이 좋습니다.
이 거래처가 연구개발기관과 완전히 독립된 제3자라고 설명할 수 있는가?
실제 용역이나 물품을 해당 업체가 직접 제공했는가?
해당 업체의 인력이 실제 업무를 수행했는가?
해당 업체가 보유한 시설·장비를 이용했는가?
거래가격은 일반적인 시장가격과 비교해 적정한가?
거래처 선정 및 계약 과정이 객관적인가?
다른 독립된 업체를 통해 수행하는 것이 가능한데 특정 관계회사와 거래한 것은 아닌가?
이러한 부분이 명확하지 않다면 정산 단계에서 거래의 실질에 대한 추가 소명이 요구될 수 있습니다. 따라서 연구비 정산에서는 거래가 실제로 이루어졌다는 사실뿐 아니라, 왜 그 거래처를 선정하였는지와 그 거래가 독립적인 거래였는지를 설명할 수 있는지가 중요합니다.
