Doprovodný zákon k JMHZ: Klíčové změny v zákoně o daních z příjmů

Společně se zavedením jednotného měsíčního hlášení zaměstnavatele, o kterém jsme Vás informovali v samostatném článku ZDE, byl přijat rozsáhlý doprovodný zákon č. 360/2025 Sb., kterým se mění některé zákony v souvislosti s přijetím zákona o jednotném měsíčním hlášení zaměstnavatele. Tento zákon představuje komplexní zásah do celé řady právních předpisů souvisejících s pracovněprávními vztahy, evidencí zaměstnanců, sociálním zabezpečením a daňovou administrativou.

Vzhledem k tomu, že rozsah doprovodného zákona je velmi široký, zaměřujeme se v tomto článku na změny v zákoně o daních z příjmů (ZDP).

Postupné rušení srážkové daně

Jednou z nejzásadnějších změn je postupné rušení srážkové daně z příjmů ze závislé činnosti. Od 1. ledna 2026 se ruší srážková daň u příjmů plynoucích českým daňovým nerezidentům jako odměna za činnost členů orgánů právnických osob. Dosud podléhaly tyto příjmy patnáctiprocentní srážkové dani bez ohledu na výši pobírané odměny. Od roku 2026 budou tyto příjmy zdaňovány prostřednictvím měsíčních záloh na daň. V případě, že celková roční výše těchto příjmů přesáhne 36násobek průměrné mzdy (pro rok 2026 činí tato hranice 1 762 812 Kč), vznikne dotyčné osobě povinnost podat daňové přiznání.

Od 1. ledna 2027 dojde k dalšímu kroku – zrušení srážkové daně u dohod o provedení práce a zaměstnání malého rozsahu. Dosud se srážková daň uplatňovala v případech, kdy příjem nedosáhl stanovené měsíční výše a zaměstnanec nepodepsal prohlášení poplatníka k dani. Od roku 2027 budou i tyto příjmy podléhat odvodu měsíčních záloh na daň. Pro zaměstnance s těmito vedlejšími příjmy (například brigádníky, studenty nebo důchodce s přivýdělkem) však nevznikne automatická povinnost podávat daňové přiznání a mohou se nadále dobrovolně rozhodnout, zda tyto příjmy v daňovém přiznání uvedou, například kvůli uplatnění slev nebo daňového zvýhodnění na děti, či nikoli.

Zrušení ročního limitu pro osvobození příjmů z prodeje cenných papírů a podílů

S účinností od 1. ledna 2026 se ruší roční limit 40 milionů korun pro osvobození příjmů z prodeje cenných papírů a podílů v obchodních korporacích dosažených fyzickými osobami. Tento limit byl zaveden teprve v roce 2025 v rámci konsolidačního balíčku a v praxi způsoboval značné komplikace zejména při prodeji významných podílů v rodinných firmách nebo při větších investičních transakcích.

Od roku 2026 se tedy vrací původní stav, kdy jsou příjmy z prodeje cenných papírů (po třech letech držby) a obchodních podílů (po pěti letech držby) osvobozeny od daně bez ohledu na výši dosaženého příjmu. Limit 40 milionů korun však zůstává zachován u příjmů z prodeje kryptoaktiv, kde se tedy nadále uplatní omezení výše osvobozených příjmů bez ohledu na dobu držby.

Upřesnění pravidel pro zaměstnanecké benefity

Novela přináší důležité upřesnění definice nepeněžních plnění, která mohou být u zaměstnance osvobozena od daně jako zdravotní a volnočasové benefity. Nově zákon výslovně stanoví, že takové plnění nesmí mít povahu mzdy, platu, odměny ani náhrady za ušlý příjem. Zaměstnanecké benefity jsou taková plnění, která zaměstnavatel poskytuje zaměstnanci nad rámec jeho běžné mzdy, platu nebo odměny a jejich cílem je například zvýšení atraktivity zaměstnavatele na trhu práce nebo podpora loajality zaměstnanců.

Cílem nové právní úpravy je zajistit, že osvobození od daně se skutečně vztahuje pouze na benefity, které nepředstavují odměnu za vykonanou práci. Generální finanční ředitelství k této změně vydalo metodickou informaci (ZDE), která má zaměstnavatelům pomoci se správným výkladem nového ustanovení.

Zrušení povinnosti srážet zálohy u vyslaných zaměstnanců

V minulosti docházelo k nejednotnému výkladu ze strany Finanční správy ohledně povinnosti srážet zálohy na daň z příjmů zaměstnance – českého daňového rezidenta, který byl v rámci mezinárodního pronájmu pracovní síly vyslán k jinému subjektu v zahraničí.

Novela jednoznačně stanoví, že právní zaměstnavatel nemá povinnost srážet zálohy na daň z příjmů zaměstnance, který vykonává práci v zahraničí v rámci mezinárodního pronájmu pracovní síly pro jiný subjekt sídlící v cizině. Automaticky tak odpadá i povinnost žádat správce daně o zrušení této povinnosti.

Rozšíření daňového odpočtu na výzkum a vývoj

Významnou změnou prochází také daňový odpočet výdajů na výzkum a vývoj. Od roku 2026 bude možné uplatnit odpočet ve výši 150 % vynaložených výdajů, ovšem pouze do limitu 50 milionů korun. Do tohoto limitu by se měly započítávat výdaje vynaložené za celý odpočtový celek zahrnující ovládající osobu a všechny ovládané subjekty. Pokud vynaložené výdaje tento limit překročí, sníží se odpočet u nadlimitní části výdajů na 100 % (namísto dosavadních 110 %).

Zároveň se prodlužuje možnost uplatnění odloženého odpočtu z dosavadních tří let na pět let a ruší se omezení spojené s nízkým základem daně či daňovou ztrátou. Uplatnění odpočtu na výzkum a vývoj tak bude fungovat podobným způsobem jako uplatnění daňové ztráty, což firmám poskytne větší flexibilitu při využití této daňové úlevy.

Změny v oblasti zaměstnaneckých akciových plánů

Doprovodný zákon přináší též další úpravy v oblasti zaměstnaneckých akciových a opčních plánů (tzv. ESOP). Prodlužuje se nejzazší lhůta pro zdanění příjmů z ESOP z deseti na patnáct let od nabytí podílu či opce. Zároveň se ruší i zdanění v okamžiku, kdy zaměstnavatel nebo zaměstnanec přestane být daňovým rezidentem České republiky, protože tento postup se v praxi ukázal jako problematický.

Zavádí se také nová kategorie tzv. kvalifikovaných zaměstnaneckých opcí. Pro tento typ opcí platí zvýhodněné zdanění – příjmy z jejich realizace jsou zdaňovány jako ostatní příjmy podle § 10 zákona o daních z příjmů, což znamená, že nepodléhají odvodům pojistného na sociální zabezpečení a zdravotní pojištění. Tento režim je však podmíněn splněním určitých požadavků, jako je minimální doba držby opce, maximální roční obrat a maximální výše úhrnu aktiv zaměstnavatele, stejně jako povinností informovat správce daně o poskytnutí kvalifikované zaměstnanecké opce.

Nová pravidla pro povinnost podat daňové přiznání

Zákonodárce také rozšířil okruh situací, při kterých dané osobě vznikne povinnost podat daňové přiznání. Kromě již zmíněného případu českého daňového nerezidenta s příjmy ve formě odměny člena orgánu právnické osoby přesahující 36násobek průměrné mzdy se nově výslovně ukotvuje povinnost podat daňové přiznání pro poplatníka, který byl alespoň po část kalendářního roku v paušálním režimu a jehož daň za daný rok není rovna paušální dani. Nové ustanovení tedy pouze formálně stvrzuje postup, který byl dosud běžně aplikován.

Zrušení registrační povinnosti plátců

V rámci novely se ruší povinnost plátce daně, který je plátcem příjmů ze závislé činnosti, podat přihlášku k registraci k dani z příjmů příslušnému správci daně. Tato povinnost však fakticky nezaniká – pouze se od 1. dubna 2026 přesouvá do zákona o JMHZ. Registrace zaměstnavatelů bude tedy nově řešena v rámci systému jednotného měsíčního hlášení.

Vliv na roční vyúčtování daně

Pro zaměstnavatele je podstatné, že povinnost podávat roční vyúčtování daně ze závislé činnosti zatím zůstává zachována. Naposledy budou zaměstnavatelé podávat vyúčtování standardním způsobem za rok 2026 (tedy na začátku roku 2027). Důvodem tohoto ročního odkladu je technická nepřipravenost Finanční správy na zpracování zpětně doplněných dat za první čtvrtletí roku 2026.

Od zdaňovacího období 2027 již tato povinnost zcela odpadne, protože Finanční správa bude mít veškerá potřebná data k dispozici průběžně z JMHZ. Současně odpadne i povinnost zaměstnavatelů vystavovat zaměstnancům potvrzení o zdanitelných příjmech. Protože všechna data o příjmech ze všech zaměstnání budou centralizována v databázi JMHZ, zaměstnanci si budou moci potřebné podklady pro své daňové přiznání vygenerovat sami prostřednictvím portálu Finanční správy.

Ve druhé fázi projektu, plánované od roku 2027, centralizovaná data sbíraná měsíčně umožní Finanční správě nabídnout službu předvyplněného ročního daňového přiznání z příjmů. Zaměstnanci si tak pouze zkontrolují předvyplněné údaje o příjmech ze závislé činnosti, zaplacených zálohách na daň a uplatněných slevách, doplní případné další příjmy a přiznání odešlou.

Závěr

Doprovodný zákon k JMHZ představuje komplexní legislativní změnu, která zasahuje do mnoha oblastí daňového práva. Zatímco některé změny přímo souvisejí se zavedením systému jednotného měsíčního hlášení, jiné mají charakter samostatných daňových novel reagujících na aktuální potřeby praxe či odstraňujících výkladové nejasnosti. Pro zaměstnavatele i zaměstnance je podstatné, že kromě administrativních změn souvisejících s JMHZ dochází k významným úpravám ve zdanění různých typů příjmů, které je třeba zohlednit již při plánování pro rok 2026.

V případě potřeby jsme vám k dispozici s konzultací a podporou při implementaci těchto změn.

Autorky:

Gabriela Ivanco, Manažerka daňového oddělení

Anna Klímová, Editorka newsletteru